La struttura organizzativa della Banca d'Italia riflette le tre dimensioni in cui opera l'Istituto: internazionale, nazionale e locale. L'Amministrazione Centrale elabora e attua gli indirizzi strategici, gestionali e operativi.
L'organizzazione territoriale della Banca d'Italia si articola in Filiali insediate nei capoluoghi regionali e in alcuni capoluoghi di provincia.
Le Filiali svolgono compiti in materia di vigilanza bancaria e finanziaria, sia prudenziale che antiriciclaggio, tutela dei clienti degli intermediari bancari e finanziari, educazione finanziaria, circolazione monetaria e sistema dei pagamenti; sono impegnate in attività di analisi economica e di rilevazione statistica a livello locale e di valutazione del merito di credito delle imprese non finanziarie; offrono servizi informativi al pubblico.
La Banca è presente all'estero con Delegazioni nelle città di Londra, New York e Tokyo, con un ufficio di rappresentanza presso la House of the Euro a Bruxelles e con funzionari distaccati con la qualifica di Addetti finanziari presso alcune rappresentanze diplomatiche.
L'Unità di Informazione Finanziaria per l'Italia (UIF), che esercita funzioni di intelligence finanziaria, ha una posizione di specifica autonomia.
La Banca d'Italia è impegnata nell'adeguamento dei propri assetti organizzativi, con lo scopo di accrescere la qualità, l'economicità e l'efficienza dei servizi offerti al Paese, in sintonia con le trasformazioni della realtà economica e finanziaria e con le potenzialità offerte dall'innovazione tecnologica.