Stefano Neri è nato a Firenze l'11 agosto 1970. Ha studiato economia all'Università di Firenze, dove si è laureato con lode nel 1996. Ha conseguito il Master in Economia con lode nel 1997 presso il Coripe Piemonte e nel 2003 il dottorato in Economia e finanza con lode presso l'Università "Pompeu Fabra" di Barcellona con la supervisione del prof. Fabio Canova. Nel corso del dottorato ha beneficiato di una borsa di studio della Fondazione Cesifin di Firenze.

In Banca dal 2000, viene assegnato all'Ufficio Analisi monetaria dell'allora Servizio Studi, dove si occupa di analisi e ricerca sulla politica monetaria della Banca centrale europea. Nel 2005-2006 è visiting researcher presso l'Università di Harvard. Nell'estate del 2007 assume la titolarità del settore "Strategia e stance monetaria" della Divisione Analisi monetaria, di cui diviene titolare ad agosto 2013. È nominato Sostituto del Capo del Servizio Congiuntura e politica monetaria a febbraio 2017, incarico che svolge fino a giugno 2023 quando viene nominato Capo del medesimo Servizio.

È autore di articoli e lavori scientifici sulla politica monetaria e il suo meccanismo di trasmissione, sull'inflazione e le sue aspettative e sui modelli vettoriali autoregressivi e di equilibrio economico generale. Le sue numerose pubblicazioni sono disponibili su: https://ideas.repec.org/e/pne173.html e sulla sua homepage https://sites.google.com/view/stefano-neri/home.