La Segreteria del CICR svolge le attività di assistenza diretta al Segretario, Direttore Generale del Tesoro, funzionali allo svolgimento delle riunioni del Comitato e ai compiti assegnati dalla legge al Ministro dell'economia e delle finanze in qualità di Presidente del CICR.
Ha un ruolo di raccordo tra il Ministro dell'economia e delle finanze - Presidente del CICR e la Banca d'Italia principalmente nelle materie che riguardano le funzioni di vigilanza. Cura inoltre i rapporti con l'utenza bancaria e finanziaria che si rivolge al Comitato per questioni di carattere generale. L'Unità coordina l'istruttoria dei procedimenti di autorizzazione dei prestiti obbligazionari regionali, curando i contatti con gli uffici ministeriali competenti.